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Daily Journal Digest — 2026-07-21

過去 24 小時新增：Transplant ID × 3、One Health × 11、Food Security × 9，共 23 篇。

⭐ 今日亮點

🔬 深入評讀

γδ T cells show distinct responses to CMV after stem cell transplantation

J Mol Med (Berl) | DOI | PMID 42472991

  • 設計：縱向觀察性研究，以單細胞RNA定序結合T細胞受體（TCR）定序，追蹤aHSCT後五個時間點有無CMV再活化患者的T細胞克隆動態；提供患者層級的高解析度免疫圖譜。
  • 樣本：樣本數偏小（單細胞定序研究固有限制），患者數與隊列特徵未從摘要完整確認；單中心設計，結果具患者特異性差異。
  • 關鍵數字：CMV再活化驅動non-Vγ9Vδ2 γδ T細胞（Vδ1+與Vδ3+亞群）患者特異性克隆擴增，並分化為具IFN-γ及TNF-α的細胞毒性效應態；傳統CD8+ αβ T細胞的克隆動態相對有限；Vγ9Vδ2亞群無明顯擴增。
  • Limitation：樣本量小，患者間動態差異顯著，難以歸納一致型態；缺乏功能殺傷試驗驗證效應態活性；未連結γδ T細胞擴增幅度與臨床CMV結局（病毒血症控制、死亡率）。
  • Bottom line：non-Vγ9Vδ2 γδ T細胞在aHSCT後CMV免疫重建中可能扮演比傳統認知更核心的角色；若進一步確認，有潛力成為免疫監測指標或γδ T細胞治療的靶點，惟需大樣本多中心研究驗證。

Implementation of an in-house Real-time PCR assay as the diagnostic tool for Invasive Aspergillosis in haematology patients: a prospective diagnostic study

Indian J Med Microbiol | DOI | PMID 42472584

  • 設計：前瞻性診斷研究，血液腫瘤高危族群以同一血清樣本同步進行自製real-time Aspergillus PCR及galactomannan（GM）免疫測定；以EORTC/MSGERC 2020定義為IA分類標準。
  • 樣本：共87名IA患者（2例proven、37例probable、48例possible）；樣本規模中等，印度CMC Vellore單中心，反映南亞低資源環境下的診斷策略適用性。
  • 關鍵數字：Aspergillus PCR vs proven/probable IA：敏感度69.2%、特異度52.1%、PPV 54.0%、NPV 67.6%；PCR+GM（任一陽性）vs proven/probable IA：敏感度100%、特異度56%、PPV 54.2%、NPV 100%；組合策略大幅提升對proven/probable IA的識別能力。
  • Limitation：單中心，自製PCR assay缺乏跨機構驗證；特異度56%代表假陽性率偏高，可能增加不必要的抗黴菌治療；PCR陽性cut-off閾值設定影響結果，外部效度待確認。
  • Bottom line：PCR+GM雙管齊下可達100%靈敏度與NPV，對高危血液腫瘤患者的陰性排除價值高；但低特異度提示需結合臨床及影像學綜合判斷，適合資源有限環境下的風險分層篩查策略。

The Evolving Landscape of Monkeypox: From Endemic Pathogen to Global Threat

Vector Borne Zoonotic Dis | IF 2.0 | DOI | PMID 42474038

  • 設計：這是一篇2020–2026文獻的敘述性綜述，聚焦MPXV基因組、流行病學變遷、與variola virus的親緣關係、zoonotic transmission cycles，以及治療與疫苗策略。作者並使用Bibliometrix、Scopus Analytics與VOSviewer整理傳播動態、臨床表現與介入措施的全球趨勢。
  • 樣本：原文未提供系統性檢索流程或納入研究數，因此不能視為systematic review。涵蓋的關鍵脈絡包括2022年Clade IIb全球outbreak、2024年Clade Ib再興，以及從動物reservoir到特定高風險族群社區傳播的轉變。
  • 關鍵論點：核心論點是MPXV已從地方性zoonosis轉成具有全球公衛威脅的再興病毒：Clade IIb驅動2022年全球outbreak，而較virulent的Clade Ib主導2024年再興。作者指出rope squirrels與Gambian pouch rats等reservoir仍是zoonotic spillover風險，H3L等蛋白突變可能促進宿主適應與immune evasion；臨床處置仍以supportive care為主，JYNNEOS與tecovirimat則分別作為預防與重症治療重點。
  • Limitation：主要限制是敘述性綜述未交代可重現的系統性檢索、納入排除標準、risk of bias評估或證據分級。關於Clade Ib virulence、宿主適應突變與介入策略的推論，仍仰賴不同來源的流行病學、基因體與臨床資料整合，異質性與發表偏差難以排除。
  • Bottom line：mpox已不是單純熱帶地區zoonosis，而是需要結合野生動物監測、genomic surveillance、疫苗與抗病毒藥策略的One Health防線。

Global Bibliometric and Phylogenetic Analysis of mcr-Mediated Colistin Resistance

Biomed Res Int | DOI | PMID 42473351

  • 設計：這是結合 bibliometric analysis 與 phylogenetic／metadata analysis 的原始研究；文獻部分依 SPAR-4-SLR 流程自 Scopus 擷取 mcr 相關研究，基因序列部分自 NCBI 取得完整 mcr gene sequences。研究涵蓋 2015 年 mcr 被發現後至 2024 年的全球研究產出，並分析序列的國家來源、樣本型態與宿主菌種分布。
  • 樣本：文獻分析納入 3936 篇 mcr 相關出版品；基因體分析納入 116 條完整 mcr gene sequences。比較重點不是臨床治療組別，而是 mcr-1 至 mcr-10 variants 在不同菌種與來源 metadata 間的群聚、可能來源與全球分布。
  • 關鍵數字：mcr 相關研究自 2015 年後至 2024 年持續增加，反映 colistin resistance 已成全球 AMR 優先議題；3936 篇中約 54.15% 發表於 Q1-Q2 期刊，中國與印度在發表與合作上居前。Phylogenetic analysis 顯示 10 個 mcr variants 各自群聚，並推測 mcr-1/-2 與 mcr-5 可能源自 Escherichia coli、mcr-3 源自 Aeromonas、mcr-7 源自 Klebsiella pneumoniae、mcr-8 源自 Raoultella ornithinolytica、mcr-10 源自 Enterobacter cloacae；mcr-4 與 mcr-9 則呈現多重可能來源。
  • Limitation：Scopus 與 NCBI 序列庫會受發表偏差、監測量能差異、資料提交偏差與地區代表性不足影響，因此不能把文獻量或序列量直接解讀為真實盛行率。Neighbor-joining phylogeny 與 metadata 推論可描述 relatedness 與可能來源，但不足以證明跨宿主或跨地區傳播路徑，也缺乏臨床 outcome 或抗生素使用量的連結。
  • Bottom line：這篇不是會改變今日處方的臨床研究，但可提醒感染科與臨床微生物團隊：mcr-mediated colistin resistance 已是跨人類、動物、環境與多重 GNB 的 One Health AMR 監測問題。
  • GRADE 證據等級：Very low ⊕◯◯◯

🔴 Transplant & Opportunistic Infections

Clinical and Microbiological Characteristics Associated with Treatment Outcomes Among Rifampicin-Resistant Tuberculosis Patients in Limpopo Province

Authors: Rukasha I et al. | Journal: Infect Drug Resist | Date: 2026
DOI: 10.2147/IDR.S613052 | PMID: 42473613

TL;DR: 南非林波波86例RR-TB中55.8%合併HIV，71.4%治療結果良好；15–24歲與smear-negative分別增加不良結果風險，AOR 9.97與39.62。

不嘻嘻：RR-TB加HIV，臨床現場難度直接開地獄模式。

γδ T cells show distinct responses to CMV after stem cell transplantation

Authors: Sibbertsen F et al. | Journal: J Mol Med (Berl) | Date: 2026 Jul 20
DOI: 10.1007/s00109-026-02703-8 | PMID: 42472991

TL;DR: aHSCT後CMV reactivation伴隨非Vγ9Vδ2 γδ T cell clones病人特異性擴增，Vδ1+與Vδ3+偏向IFN-γ/TNF-α cytotoxic antiviral狀態。

嘻嘻：γδ T cells又多一點主角光環，移植後免疫學真香。

Implementation of an in-house Real-time PCR assay as the diagnostic tool for Invasive Aspergillosis in haematology patients: a prospective diagnostic study

Authors: Sam AS et al. | Journal: Indian J Med Microbiol | Date: 2026 Jul 19
DOI: 10.1016/j.ijmmb.2026.101226 | PMID: 42472584

TL;DR: 血液腫瘤高風險病人單次serum Aspergillus PCR對proven/probable IA敏感度69.23%、特異度52.08%；合併GM後敏感度與NPV皆達100%。

嘻嘻：PCR加GM這組合，血液科終於比較不靠通靈。

🟢 One Health / Zoonoses

Nectin4 restricts pseudorabies virus infection by blocking gD-Nectin1 interaction

Authors: Wang Y et al. | Journal: J Virol | Date: 2026 Jul 20
DOI: 10.1128/jvi.00788-26 | PMID: 42474184

TL;DR: 268個ISGs篩選出Nectin4可限制PRV與HSV；Nectin4以IgV domain結合viral gD，阻斷gD-Nectin1 interaction與viral entry。

嘻嘻：Nectin4像幫病毒入口裝門栓，機轉漂亮。

Assessing the persistence of Sporothrix schenckii and Sporothrix brasiliensis yeasts on hard, non-porous surfaces and the efficacy of disinfectants

Authors: Rediguieri BC et al. | Journal: Microbiol Spectr | Date: 2026 Jul 20
DOI: 10.1128/spectrum.01255-26 | PMID: 42474176

TL;DR: Sporothrix schenckii與Sporothrix brasiliensis yeast可在不鏽鋼表面存活至少6週；1% NaOCl與70% isopropyl alcohol接觸3分鐘均達>6 Log10 reduction。

不嘻嘻：Sporothrix能撐六週，環境清消別再佛系了。

Genomic characterization and therapeutic potential of five broad-spectrum lytic bacteriophages against multidrug-resistant avian pathogenic Escherichia coli (APEC)

Authors: Midha T et al. | Journal: Microbiol Spectr | Date: 2026 Jul 20
DOI: 10.1128/spectrum.03979-25 | PMID: 42473042

TL;DR: 印度5州分離5株lytic phages，無AMR、virulence、toxin或lysogeny genes；對51株APEC中37%–51%有效，3株使G. mellonella存活率達60%–80%。

嘻嘻：phage療法又冒出候選股，雖然離臨床還有路。

A Scoping Review of "Wet Markets" and Their Risks to Public Health

Authors: Willoughby EL et al. | Journal: Health Secur | Date: 2026 Jul 20
DOI: 10.1177/23265094261461837 | PMID: 42473423

TL;DR: scoping review納入144篇wet markets實證研究，多聚焦亞洲畜肉與蔬菜pathogen prevalence；未找到野生動物交易與食物交易並存的實證研究。

不嘻嘻：wet markets研究很多，最想知道的洞卻還在。

Diversity of Candida spp. isolated from microbiota and infectious processes in wild mammals: a systematic review

Authors: de Carvalho Sousa B et al. | Journal: Vet Res Commun | Date: 2026 Jul 20
DOI: 10.1007/s11259-026-11410-1 | PMID: 42474815

TL;DR: systematic review納入34篇研究，涵蓋74種野生哺乳類與21種Candida species；野生動物分離Candida spp.可作為生態擾動與人為影響指標。

嘻嘻：野生動物身上的Candida，也能替環境壓力報信。

High prevalence of Giardia spp. in cats without diarrhea and agreement between diagnostic techniques in the municipality of Londrina, Paraná, Brazil

Authors: Aoki LRS et al. | Journal: Vet Res Commun | Date: 2026 Jul 20
DOI: 10.1007/s11259-026-11409-8 | PMID: 42474547

TL;DR: 巴西隆德里納272隻無腹瀉貓中，Giardia spp.盛行率74.63%；成貓與非家養貓感染勝算分別高5.3與8.6倍，兩種檢驗Kappa 0.907。

不嘻嘻：貓沒拉肚子也滿身Giardia，鏟屎官先深呼吸。

The Evolving Landscape of Monkeypox: From Endemic Pathogen to Global Threat

Authors: Bhimwal T et al. | Journal: Vector Borne Zoonotic Dis | Date: 2026 Jul 20
DOI: 10.1177/15303667261469046 | PMID: 42474038

TL;DR: 2020–2026敘述性review指出MPXV Clade IIb驅動2022全球outbreak，較virulent的Clade Ib主導2024再興；tecovirimat與JYNNEOS仍為重症與預防重點。

不嘻嘻：MPXV換clade上場，公共衛生又被迫加班。

Detection and molecular characterization of hepatitis E virus in food-producing animals in Slovakia

Authors: Pavlova A et al. | Journal: Folia Microbiol (Praha) | Date: 2026 Jul 20
DOI: 10.1007/s12223-026-01554-7 | PMID: 42474924

TL;DR: 斯洛伐克2023–2025年290份食用動物樣本中，肥育豬糞便5/120檢出HEV RNA且屬HEV-3f；牛羊與山羊0/170未檢出。

不嘻嘻：HEV在豬群默默出沒，餐桌安全不能只看表面。

Genetic diversity, population structure, and benzimidazole resistance profiling of Ascaris lumbricoides in northwestern Thailand

Authors: Adisakwattana P et al. | Journal: Parasitol Res | Date: 2026 Jul 20
DOI: 10.1007/s00436-026-08727-w | PMID: 42474787

TL;DR: 泰國西北部A. lumbricoides有13個haplotypes、含3個新型別，未見明顯地理結構；β-tubulin codons 167、198、200皆為wild-type。

嘻嘻：至少benzimidazole還沒翻車，蠕蟲界今天先放過我們。

Rare pulmonary tularemia masquerading as lung cancer: importance of considering infectious etiologies and a comprehensive literature review

Authors: Behenská K et al. | Journal: Virchows Arch | Date: 2026 Jul 20
DOI: 10.1007/s00428-026-04638-4 | PMID: 42474513

TL;DR: 捷克罕見pulmonary tularemia以右肺腫塊、肺炎與淋巴結腫大表現，術後histopathology與molecular analysis才確認Francisella tularensis。

不嘻嘻：tularemia扮肺癌，感染科永遠在拆盲盒。

Global Bibliometric and Phylogenetic Analysis of mcr-Mediated Colistin Resistance

Authors: Ali MZ et al. | Journal: Biomed Res Int | Date: 2026
DOI: 10.1155/bmri/8343626 | PMID: 42473351

TL;DR: mcr相關文獻3936篇，2015後至2024持續增加；116條完整mcr sequences分成10個variants，mcr-1–10跨多種GNB，支持One Health surveillance。

不嘻嘻：colistin抗藥性持續開枝散葉，One Health不是口號。

🟡 Food Security / Food Safety

Dynamic Nutrient Consumption of Cultured Meat in Bioreactors: Metabolomics-Guided Optimization for Enhanced Cell Proliferation and Stemness

Authors: Wang Z et al. | Journal: J Agric Food Chem | Date: 2026 Jul 20
DOI: 10.1021/acs.jafc.5c15770 | PMID: 42473776

TL;DR: 80 L stirred-tank bioreactor conditioned medium檢出1761個metabolites；leucine與arginine補充在2D與3D系統促進muscle stem cell proliferation並上調PAX7。

嘻嘻：培養肉開始像精準營養學，未來廚房很科幻。

Analysis of pesticide residues in pears using the same phytosanitary treatments and grown under the same edaphoclimatic conditions

Authors: Barros SC et al. | Journal: J Sci Food Agric | Date: 2026 Jul 20
DOI: 10.1002/jsfa.70863 | PMID: 42473700

TL;DR: 6種葡萄牙地方梨與1種商用品種在相同處理下，農藥殘留約85%集中於果皮、13%在種子、1%在果肉；difenoconazole最常檢出。

不嘻嘻：想少吃農藥，削皮這件事忽然很有存在感。

Linking genetic gains to food security outcomes: An assessment of IRRI'S rice breeding efforts in the Philippines and Indonesia

Authors: Nalley LL et al. | Journal: Food Secur | Date: 2026
DOI: 10.1007/s12571-025-01632-7 | PMID: 42473610

TL;DR: IRRI 12,045筆elite lines產量資料顯示，自IR8後genetic gain每年增加0.58%；印尼與菲律賓採用IRRI lines估計每年多供應2514萬人稻米。

嘻嘻：育種默默養活很多人，這種進步值得掌聲。

Automation, Robotics, and Artificial Intelligence in Seafood Processing: Advancements, Challenges, and Future Prospects

Authors: Yadav KK et al. | Journal: J Food Sci | Date: 2026 Jul
DOI: 10.1111/1750-3841.71309 | PMID: 42473126

TL;DR: 海鮮加工automation review整合robotics、AI、computer vision、blockchain與IoT，指出可提升yield、衛生與traceability，但成本、整合與法規仍是主要障礙。

嘻嘻：海鮮加工變聰明，食安與效率終於同桌吃飯。

Vibrational Spectroscopy Predicts Antimicrobial Activity of Orange Peels: A Case Study on Batch-to-Batch Variation in Food By-Product Valorization

Authors: Zhang X et al. | Journal: J Food Sci | Date: 2026 Jul
DOI: 10.1111/1750-3841.71308 | PMID: 42473120

TL;DR: 15種柑橘果皮以ATR-FTIR結合SVM預測antimicrobial activity，accuracy 0.91、specificity 0.95；Raman模型最高accuracy僅0.59。

嘻嘻：橘皮也能被光譜讀出抗菌潛力，廢棄物翻身。

Raising male drones affects honey bee (Apis mellifera) foraging behavior

Authors: Bonoan RE et al. | Journal: Integr Comp Biol | Date: 2026 Jul 20
DOI: 10.1093/icb/icag122 | PMID: 42474220

TL;DR: 蜂群培育male drones未改變巢內worker population，但提高帶pollen返巢foragers比例；pollen crude protein含量不變，顯示能量配置轉向pollen foraging。

嘻嘻：蜂群資源配置比想像細膩，社會性昆蟲太會了。

"Midas Touch": Revealing the Collaborative Mechanism of Nanoconfined Aggregation-Induced Luminescence and Antibody Recognition for AI-Assisted Pathogen Immunochromatographic Detection

Authors: Cui Z et al. | Journal: Anal Chem | Date: 2026 Jul 20
DOI: 10.1021/acs.analchem.6c01731 | PMID: 42473966

TL;DR: NUT nanohybrid ICA偵測Salmonella typhimurium的visual detection limit較AuNPs strips低23倍，CNN讀片classification accuracy達100%。

嘻嘻：ICA加AI讀片，食媒病原快篩越來越有戲。

Adsorption-stage phage biosensors for foodborne bacteria detection: mechanisms, engineering strategies, and perspectives

Authors: Mou X et al. | Journal: Analyst | Date: 2026 Jul 20
DOI: 10.1039/d6an00499g | PMID: 42473692

TL;DR: 近5年phage adsorption-stage biosensors review指出，whole phages保留native adsorption architecture且可能輔助viability判讀，phage-derived proteins則利於interface設計。

嘻嘻：phage biosensor抓活菌這點，真的很懂食安痛點。

Molecular phylogeny of 16S rRNA sequences from Ugba (Pentaclethra macrophylla) seeds

Authors: Nwaiwu O et al. | Journal: Access Microbiol | Date: 2026
DOI: 10.1099/acmi.0.001060.v3 | PMID: 42473456

TL;DR: Ugba seeds 35條16S rRNA sequences顯示多種細菌具不同monophyletic groups；Kurthia gibsonii在ancestral analysis中為最早祖先，支持後續metagenomics監測。

嘻嘻：發酵食品微生物家譜展開，metagenomics可以接棒了。

資料來源：PubMed (articles retrieved 2026-07-21)